中国科学院大学的MBA项目依托中国科学院的特点与核心竞争力，在十余年的办学历程中，逐渐在如下四方面形成了自己的鲜明特色与竞争优势：即最接近创新源头的创新创业项目与课程、量化分析为特色金融项目与课程、科学决策能力的训练、理论与实践紧密结合的“知行合一”教学培养体系。
中国科学院是科研的国家队，中科院院所融合、科教融合的体制与环境决定了中国科学院大学MBA项目可以充分整合中国科学院100余家科研院所丰富的高新科技成果、成果转移转化经验以及创新与创业管理方面的强大师资力量等优势资源，因此创新创业MBA项目以及综合MBA项目中的创新创业课程是中国科学院大学经济与管理学院MBA项目的鲜明特色和核心竞争力之一。
国科大经济与管理学院的首任院长是著名经济学家，中国风险投资之父成思危先生。在成先生带领下，学院一直重视金融领域的研究与教学工作，大力引进金融人才，建设了路透实验室等金融平台，在投资管理、金融衍生品开发与定价、金融风险管理、互联网金融领域形成了优势的学科方向。在此基础之上，金融MBA项目以及兼顾理论与实践的金融课程与讲座也成为中国科学院大学经济与管理学院MBA项目的鲜明特色和核心竞争力之一。
中国科学院在管理科学与工程领域在国内具有领先地位，大师云集、成果丰硕，管理科学与工程专业强调使用模型解决管理问题，中国科学院大学的MBA项目秉承这一基因，将管科与工商管理相结合，在课程与培养体系的设计上，发展出了重视量化分析与数理建模的高硬度工商管理教学培养体系，着重培养学生科学决策、精准决策的能力。
中国科学院以实现“四个率先”为主要发展战略，其中就包括率先建成国家高水平科技智库。中国科学院的管理学科一贯重视理论方法与企业管理实践的结合，大批学者承担了大量国家纵向课题与企业横向课题、提交了大量政策报告，发挥了智库作用。国科大MBA学生可以在学习过程中直接参与到导师以及学校的各种项目中，在实战中学习提高，由此形成了中国科学院大学经济与管理学院MBA项目“知行合一”的教学培养体系。
